Existem muitas formas de utilizar as consolas da família Nintendo 3DS. Para além dos tradicionais botões, é também possível controlar os jogos tocando no Ecrã Tátil e arrastando o stylus sobre ele ou até inclinando a consola. As câmaras incorporadas na consola podem também ser usadas para trazer os jogos para o mundo real, sendo que as ações de falar ou soprar para o microfone podem também funcionar como forma de controlo do jogo.

A New Nintendo 3DS e a New Nintendo 3DS XL oferecem novas opções de personalização, nova velocidade, novos controlos, uma visualização em 3D mais confortável e toda uma nova experiência! Junto dos botões L e R existem agora os botões ZL e ZR e um novo Stick C pode ser encontrado junto dos botões A, B, X e Y. Os comandos anteriormente disponíveis apenas através do Botão Deslizante Pro (XL) estão agora integrados nas consolas.