As Contas Nintendo normais e as Contas Nintendo infantis diferem das seguintes formas:

• Não é possível registar um endereço de e-mail numa conta infantil. Quaisquer notificações por e-mail são enviadas para a conta de e-mail indicado na Conta Nintendo do pai ou representante legal.
• As Contas Nintendo infantis podem ser criadas para utilizadores entre os 0 e os 17 anos de idade. As Contas Nintendo normais só podem ser criadas por utilizadores maiores de 16 anos que tenham uma conta de e-mail.
• Algumas missões My Nintendo só podem ser concluídas por utilizadores com uma Conta Nintendo normal.
• As Contas Nintendo infantis só podem ser vinculadas a Nintendo Network IDs. Não podem ser vinculadas a contas de redes sociais (Google ou Apple ID).
• As Contas Nintendo criadas para crianças menores de 16 anos são automaticamente definidas como contas supervisionadas no grupo familiar da Conta Nintendo.

Para além destas diferenças, o funcionamento das contas é quase idêntico.